卵巢巧克力囊肿是可以做试管婴儿。卵巢巧克力囊肿通常会与盆腔子宫内膜异位症合并存在，从而导致输卵管梗阻的情况发生，就不易自然受孕，比较适合做试管婴儿解决孕妇不孕的问题。 试管婴儿要将女性的卵子取出，在体外进行精卵的结合，形成受精卵，在适当时机将受精卵种植到宫腔里，完成整个受孕的过程。 卵巢巧克力囊肿的患者，在取卵时要注意取卵的操作有可能会造成卵巢巧克力囊肿破裂，或者是导致卵巢巧克力囊肿的继发感染。要严密监测患者自觉症状，必要时可以给予预防性抗感染治疗。
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