卵巢巧克力囊肿本身并不会导致自然流产。但是卵巢巧克力囊肿有可能与盆腔子宫内膜异位症、子宫腺肌症等疾病共同存在，从而也就有自然流产的发生。 比如有盆腔子宫内膜异位症，卵巢排出来的卵子进入盆腔内，就会被盆腔子宫内膜异位症释放的大量因子影响，导致卵子质量的下降。而质量下降的卵子与精子结合形成的受精卵比较容易产生自然流产。 而子宫腺肌症是子宫内膜异位到子宫肌层里，不应该长到子宫肌层里，而长到子宫肌层里，就会造成整个子宫甚至宫腔内的微环境都发生改变，从而也会导致自然流产的发生。
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