针对不同部位的囊肿需要做的检查也不相同。对于鼻咽部的囊肿，最直接有效的检查就是纤维鼻炎镜的检查，可以通过内镜清晰的显示鼻咽部囊肿的形态。鼻窦的囊肿位置比较深在，通过肉眼无法看到，需要做影像学的检查，如鼻窦的CT或者核磁来明确诊断。做核磁或者CT的过程中，无意中发现鼻窦的囊肿，是不需要做什么特殊处理的，另外还有一类就是鼻前庭囊肿，通过触摸鼻部的皮肤，鼻前庭皮肤可以感知囊肿的存在，也可以靠鼻窦的CT来明确囊肿的位置和大小。
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