孕酮低可能是由于存在排卵、卵泡发育的问题。排卵后卵泡内血管充盈，会形成月经的黄体，在没有怀孕的情况下，排卵后的9~10天左右，黄体会退化、萎缩。如果怀孕，黄体在胚胎发育的滋养细胞分泌的绒毛膜促性腺激素的作用下，会形成妊娠黄体，以维持妊娠早期的胚胎发育。在7~9周形成胎盘后，会由胎盘分泌孕激素。在排卵后，如果是小于1.8cm的小卵泡，黄体可能会较少，进而导致黄体的功能不全。如果是优质卵泡，分泌的孕激素可能会较充足。
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