一般肠瘘不主张做肠镜。因为做肠镜需要在肠腔内注入气体，扩张肠腔，会导致肠瘘瘘口扩大，从而加重肠腔内容物流到腹腔、腹壁外，加重病情。所以通常出现肠瘘不主张做肠镜。 但少数病人可能出现慢性肠瘘，或肠瘘已经发生包裹，形成窦道，需要进行病理组织活检，明确诊断，可在有经验的医生操作下，进行内镜检查，以便明确诊断，进行下一步治疗。 少数情况，可以在内镜下进行瘘口的封堵等微创治疗。
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