血吸虫肠病患者的粪便中可检出虫卵或孵出毛蚴。肠黏膜活检急性期以充血水肿为主,慢性期则黏膜苍白、肥厚及瘢痕形成,各期均可见典型的小结、小斑。对未经治疗的患者,检出的虫卵不论死活,均有确诊价值。一些免疫学检查如皮内试验、环卵沉淀试验等,均有辅助诊断的价值。