慢性胆管炎有一定的癌变几率。长期患有慢性胆管炎的患者，会出现胆管壁增厚的表现，如果合并胆管结石或自身免疫性疾病，就有可能会发生癌变，但几率相对较低。如果是胆管结石，癌变的几率会相对较高，部分病程较长的患者，有一定的几率会进展为胆管癌。但由于存在结石，通过CT或磁共振等检查，会发现胆管壁的不规则增厚，很难明确是否为胆管癌。建议患者首先治疗结石,再观察胆管壁的增厚情况。一般发现有慢性胆管炎，需要明确病因，积极进行治疗。如果是胆管结石，需要及早取净结石。
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