新生儿肝炎一般以保肝治疗为主，并给予充分的热量及维生素，同时禁用对肝脏有毒的药物，一般是不需要手术治疗的，病因明确时应加上针对病因的治疗。 新生儿肝炎要与先天性胆道闭锁区别开来，这两种疾病早期的临床表现和体征是比较相近的，都表现为黄疸肝肿大，但是这俩种疾病的发展的过程不同，治疗也是不同的。 新生儿肝炎时，腹部超声一般显示肝内外胆管是正常的，而胆道闭锁时，肝外胆管常常不能够探出，或者只是线性的条索状的改变，或者是呈瘪小的影像。
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