脑垂体脓肿治疗上是以切开引流为主，引流的目的是把脓放出来，另外是要获得脓液的培养和药敏的结果，找到致病菌，但是一般的致病菌微生物阳性率只有20~30%。所以大部分是经验性的治疗，用广谱的抗生素在围手术期，手术后再巩固大概4周左右。首先要确定是不是垂体脓肿，需要临床上的综合判断，主要是根据患者的临床症状有没有乏力、纳差、多饮多尿、垂体激素的功能等，以及垂体增强核磁影像学的判断，是由有经验的神经外科医生给予综合判断的。
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