先天性巨结肠的分型分为常见型、短段型、长段型以及全结肠型，分为4种类型。 先天性巨结肠是先天性的疾病，通常是在妈妈肚子里胚胎形成的时候，大概6周到12周左右，实际上是消化道的神经节细胞发育的过程，发育的过程是从消化道的近端往远端，从近口这一端向肛门那一端发育。 从6周开始发育，发育越早，出现问题的位置可能就会更高，疾病的病变的位置会更高，发育越晚就越靠近肛门。也就是发生得越早，会越成为全结肠的巨结肠，越晚可能就是短段型的巨结肠。
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