巧克力囊肿会不会影响怀孕，需要根据具体情况而定。巧克力囊肿如果长得不大，数量不多，没有引起整个盆腔的内异症，只是有一侧的巧克力囊肿或者没有影响输卵管，不会影响怀孕。但是大部分的巧克力囊肿会引起不孕症。一般巧克力囊肿往往都是双侧的。第一，会引起排卵不好。第二，有可能盆腔有内异症，引起输卵管的堵塞或者是子宫有腺肌瘤、腺肌症，会引起受精卵的着床，所以会引起不怀孕。
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