肛门闭锁通常可能会有20%左右会合并有心脏的畸形，先天性心脏病。还有一些可能会合并有脊柱的畸形，还有可能会合并有肾脏的畸形。 另外还有合并有其他的，比如神经系统这些，有40%左右这样的可能性，会伴发有其他多发的畸形，包括合并其他的小肠闭锁，都是需要在出生以后做治疗的时候，医生要多方面的去排查的。肛门闭锁还是一种先天性的结构畸形，有大概40%~60%的结构畸形，可以是单发的，就是孤立性的发生，还有很多的结构畸形是多发的。
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