治疗甲亢药物主要包括硫脲类、咪唑类，以及硫脲嘧啶类的药物。咪唑类的代表性药物是甲巯咪唑，硫脲类的代表性药物是丙硫氧嘧啶。 丙硫氧嘧啶可以抑制5′-脱碘酶的活性，但是这种药物的肝毒性比甲巯咪唑要大。一般是严重的病例，有甲状腺危象，妊娠早期或者是对甲巯咪唑过敏的人，才首选丙硫氧嘧啶进行治疗。 此外，甲亢患者在治疗过程中不仅要对甲状腺功能进行检查，还要对不良反应进行监测。因为抗甲状腺的药物可能会引起白细胞的减少，并造成肝功能的损害。
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