强直性脊柱炎可能和细菌感染以及遗传因素有关。强直性脊柱炎和肠道的细菌感染相关，比如肠道的沙门氏菌，可以和骶髂关节部位的滑膜有交叉抗原，导致自身免疫性的疾病，引起强直性脊柱炎的发生。遗传因素也有密切相关，有很明确的遗传倾向，对于HLAB27阳性的患者，发病率可以明显的增加。钝性的关节的损伤，比如关节的扭伤、钝挫伤后，引起隐蔽抗原的暴露，可以引起来自身免疫的发生，导致强直性脊柱炎的发生。
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