做羊膜移植通常不会发生排斥反应。羊膜移植术后经过一段时间，覆盖在眼球表面的羊膜可能会发生部分的溶解或者是吸收，此时羊膜下方的角膜上皮或者是角膜溃疡可能已经愈合好或者是没有愈合好。如果没有愈合，可以再做二次羊膜移植或多次羊膜移植。 羊膜移植在临床应用比较广泛，许多角膜疾病都可以进行，如感染性的角膜溃疡不太深时，都可以用角膜移植，防止角膜穿孔，促进溃疡愈合。 另外，碱性物质入眼后造成的碱性烧伤也很适合做羊膜移植。
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