反复流产时查染色体主要是为了寻找胎停育的原因。因为复发性流产有2%~5%的几率是遗传因素所引起，而反复流产的病人发生胚胎异常的几率在50%以上。 如果母亲或者父亲的一方或者双方有染色体的异常，比如平衡异位、罗氏异位、倒位等情况，在形成配子的时候就很容易出现染色体的异常。 而这种染色体异常的胚胎属于大自然的优胜劣汰，应该流产掉。为了避免下一胎再次发生流产，一般建议患者进行胚胎染色体异常的检查。
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