苯丙酮尿症需要进行初步筛查，如果考虑阳性，需要进一步做血尿代谢筛查和串联质谱检查。因为苯丙酮尿症是基因病，所以最终的基因确诊是金指标。 所有新生儿出生后会进行足跟血筛查，试纸保存过程、采样过程、送检过程，取样前有没有给予补充氨基酸，都可能会影响阳性率。如果足跟血筛查考虑可能是阳性，会进一步复测或进一步的检查。
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