新生儿败血症最主要的并发症是对各个脏器的打击，比心脏、肝脏以及脑部，最严重的并发症是脑炎或脑膜炎。 因为血脑屏障是保护人体最重要的大脑。新生儿的血脑屏障发育不完全，感染容易通过血脑屏障细菌进入脑部。脑部感染是非常严重的并发症，需要特殊的监测和治疗。
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