大多数的儿童肠炎是由于感染引起的。感染的病原体常见为病毒或者细菌，其中以病毒最为多见，如轮状病毒、诺如病毒、萨科奇病毒等等。常见的细菌有致病性大肠杆菌、产毒性大肠杆菌、空肠弯曲菌、沙门氏菌、痢疾杆菌、金葡菌等等。除此之外还有原虫、真菌等等，也可能引起肠炎。为减少肠炎的发生，建议做到一、合理喂养，提倡母乳喂养，并及时添加辅食。二、注意奶具十具的定期消毒。三、避免食用生冷不洁的东西。 四、隔离患儿，并且小心处理排泄物。五、对小儿进行个人卫生教育，勤洗手，培养良好的卫生习惯。
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