肾囊肿属于良性病变，单纯性肾囊肿一般不会癌变，但有很少部分患者的肾囊肿过很多年后会出现恶性变，比例虽然很小，但也需要小心。 有部分肾脏肿瘤的患者，肿瘤不是实体瘤，而是像囊肿一样的肿瘤，如果不仔细看，可能误认为是肾囊肿，其实是囊肿性的肿瘤，需要观察囊壁厚度，是否有钙化，是否存在非定型的物质。 必要时需要手术切除判定，在显微镜下做组织病理学检查，区分到底是良性病变还是癌症。肾囊肿只有一小部分可能发生癌变，但也有癌症的患者会表现为囊肿样改变，需要引起注意。
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