甲状腺全切的后遗症，可能会出现甲状腺功能减退症。因为甲状腺一般是合成和分泌甲状腺激素，而甲状腺激素用于调整全身各个脏器功能以及能量和物质的代谢。 当甲状腺全切后，会导致甲状腺激素水平低下，从而引起全身各个器官的功能低下，以及能量和物质的代谢低下。进而引起一系列的代谢低减综合征，包括食欲减退、乏力、体重增加、怕冷、记忆下降、便秘等。 另外，还可能会出现手术带来的后遗症。
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