慢性胆管炎的危害还是比较多的。首先，在肝内的危害主要集中在胆汁的排泌不畅，严重时会导致肝脏的病变，比如肝纤维化、肝硬化等。如果是自身免疫性疾病引起，可能出现转氨酶的升高、胆红素的轻度升高，甚至包括碱性磷酸酶、γ-谷氨酰转肽酶等。如果严重，可以造成肝硬化，甚至导致肝硬化的失代偿期，出现大量腹水，肝脏变小，肝脏长满结节，可能会诱发癌变。如果是肝外的胆管炎，可能会出现有黄疸、寒颤、高热等等一系列的表现，甚至有可能由于胆管、胆总管的结构跟胰管存在畸形，进而会诱发胰腺炎。
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