自身免疫性甲状腺炎如果没有侵犯到功能，患者可以没有什么症状；如果侵犯到功能，患者可以出现甲亢，也可以出现甲减。如果出现甲亢，患者会表现出高代谢的症状和体征；另外还可能会出现甲亢心、以及甲亢性肝病。甲状腺功能减退的，患者可以出现低代谢的症状和体征。对于长期没有治疗，或者是一些老年患者容易发生粘液性水肿昏迷，再有甲减的患者常常容易合并高胆固醇血症，长期的高胆固醇血症，可能会发生动脉粥样硬化，会引起冠心病，以及外周血管病等。
