直肠炎的患者可以口服甲硝唑或者口服肠道不能吸收的利福昔明,也可以口服益生菌类的药物调节肠道里的菌群功能,也可以使用局部的用药,从肛门直接塞药治疗。这种治疗的方法,疗效相对较好,而且可以减少药物的不良反应,药物塞入肛门后直接作用于直肠的局部。部分因为免疫性疾病造成的直肠炎可以采用氨基水杨酸类的药物口服,或者与局部用药联合使用,也可以使用免疫抑制剂,症状较为严重的可以使用糖皮质激素。在使用药物治疗的同时,也需要配合一般的治疗方式缓解。