新生儿心律失常可能是遗传自父母的。常见的新生儿心律失常的原因，包括非心脏疾病因素和心脏疾病。其中非心脏疾病因素，包括产前、产时发生的窒息、缺氧最为常见。宫内或出生后感染是导致新生儿心律失常的另一常见病因，主要是由于感染可损害心肌导致心肌或心内膜炎。严重者可导致心律失常，电解质紊乱及代谢紊乱和某些药物，也会引起心律失常。心脏疾病，包括新生儿先天性心脏病、心导管术，以及心静脉置管术和某些原发性心脏肿瘤，都可导致新生儿心律失常。
