男性假两性畸形的患者治疗方式主要是外科手术治疗,且均棘手,需要有经验的泌尿外科、妇产科,甚至是普外科医生协同治疗。手术的主要依据患者主要性器官的发育水平而定,不是一成不变的。例如女性的内生殖器官较睾丸发育好,患者主要表现为女性特征,则行睾丸切除术加外生殖器的整形,阴蒂、阴唇成形,阴道外口增宽使之有性生活,也可以用肠管代替阴道等。如果女性的内生殖器官较睾丸发育差,患者主要表现为男性特征,则一般行睾丸固定术、尿道下裂修复术等手术方式。