诊断肛窦炎首先需要根据其临床症状，如排便时肛门疼痛，而且定位十分明确。常常是肛门后位多见，因为此处是肛管内压力最高的地方。此外还会伴有肛门异物感、不适和肛管下坠感及肛门脓性分泌物。再结合肛门指诊检查时括约肌紧张，肛窦及乳头硬结及触痛。 肛门镜检查可发现肛窦、肛乳头充血和红肿。
