先天性肥厚性幽门狭窄会出现的并发症包括脱水、低氯低钾性碱中毒、代谢性酸中毒,有可能会导致患者出现呼吸浅慢、手足抽搐、喉痉挛,也可能会出现肾功能低下。部分患者还可能会出现精神萎靡、拒食。除此以外,还可能会导致患者出现高胆红素血症以及胆汁淤积综合症。考虑到食物通过幽门时不太顺畅,因此,还可能会导致患者出现胃扩张,也可能会导致患者出现上腹部的疼痛以及胃胀症状。尤其是新生儿出现上述疾病时,还可能会导致患儿出现生长发育的迟缓,有可能会出现体重不增。