确诊后，可先使用药物控制感染，而后应尽快手术切除甲状舌管囊肿，以避免反复感染、癌变等不良情况发生。一般治疗，是在存在瘘口时，注意保持患者瘘口周围皮肤的清洁，避免引起感染或导致原有感染加重。抗生素治疗，急、慢性感染患者，可使用广谱抗生素控制感染，还可以进行手术治疗。本病一经确诊，应立即行手术进行切除，以预防发生感染、瘘管或癌变。若囊肿发生癌变，在手术切除后，可能还需要辅助放射治疗和化学治疗，也就是所说的放疗和化疗。
