3个月的小宝宝咳嗽要根据其病因采取以下的方式治疗:1.上呼吸道感染引起的咳嗽。如细菌感染引发的,可以给予头孢类的抗生素,结合肺力咳合剂、小儿止咳化痰颗粒。痰液比较黏稠的,可以应用盐酸氨溴索,结合雾化吸入治疗能改善咳嗽。2.对于过敏性咳嗽需要去除过敏原,清理室内的过敏物质,给予抗过敏的药物,比如西替利嗪、氯雷他定糖浆等。3.鼻炎、鼻窦炎。由于分泌物倒流入咽喉引起的刺激性咳嗽,可用生理盐水冲洗鼻腔,清理干净分泌物,鼻腔内应用鼻喷激素、鼻渊通窍的药物治疗。