泡性角结膜炎是由微生物蛋白质引起的迟发性免疫反应性疾病,因此治疗主要使用糖皮质激素类药物,局部点眼,如妥布霉素地塞米松滴眼液或者是氟米龙滴眼液等等,使用后一般一到两天,症状就会减轻。伴有相邻组织的细菌感染时给予抗生素滴眼,比如左氧氟沙星滴眼液、氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等等,一天四次。同时,要治疗诱发此病的潜在性疾病,有严重的角膜瘢痕影响视力时需要行角膜移植术。