临床上治疗真菌性鼻窦炎，主要采取手术治疗、药物治疗。此病属于特异性感染性疾病，大多是由于机体长期应用某些药物，比如糖皮质激素，或者是抗生素等，或者是放疗等引起。一般在病情早期，临床上建议采取手术治疗，尤其是侵袭性患者。在确诊之后，需要尽早手术，帮助清除鼻腔，以及鼻窦当中的真菌病原、坏死和不可逆的病变组织，同时帮助恢复鼻窦通畅引流。病变不严重时，可选择鼻内镜手术，病变严重，累及到颅内时，可选择颅面联合术，同时术后要用抗真菌药物治疗。
