先天性短食管,有可能会导致患者出现肺部感染。发生肺部感染是因为食管上括约肌压力减低,因此可能会出现胃食管的反流,加上孩子没有自主调节体位的能力,因此很容易误吸入气管内,引起咳嗽、发热,以及肺部感染等疾病。除了有上述疾病临床表现以外,还可能会导致患者呕吐、吞咽困难以及消化不良、消化道出血。假如患者长期出现进食的困难、消化功能障碍时,还可能会导致患者出现四肢乏力、消瘦、营养不良。尤其是儿童,有可能会导致患者出现生长发育迟缓。