咽部乳头状瘤的发病病因目前并不完全明确,是否与HPV的感染有关联,也没有得到较为明确的科学证据验证。但由于咽部乳头状瘤的肿瘤的特性,与HPV病毒感染所造成的肿瘤特性较为类似。且根据其各种患病的特征来判断,考虑很可能与HPV病毒的感染有一定的关联。但是,除了HPV病毒的感染以外,长时间佩戴矫正牙齿的牙套,导致对咽喉部位的损伤。或者长期不重视口腔卫生,导致细菌侵入到咽腔部位,以及咽喉部位曾经受到的各种外伤,也与此类疾病的发病有一定的关联。