轮状病毒肠炎的自然病程一般在7到10天。临床表现的症状有发热、腹泻、水样便,每日5至10次至十多次,伴轻度呕吐,呕吐常发生在病头1到2天,随后出现腹泻、吐泻严重者多伴有脱水性酸中毒,40%至50%的患者伴有咳嗽等呼吸道症状。近年来的研究发现轮状病毒不单纯是肠道感染,也可以引起全身的感染,可以侵犯多个脏器。比如一些病毒可以从病儿的肺组织、胸水、腹水中检出,还有可以使心肌受累。