先天性胆总管囊肿有癌变的可能。先天性胆总管囊肿是因为在胎儿胆管发育时期,由于胰胆管介入异常,导致出现了胰液的反流。在胆管发育过程中,胆总管异常囊肿扩张,也会导致先天性胆总管囊肿。首先,因为先天性胆总管囊肿,所以胰液反流至与胆液合流异常从而引起胆管黏膜损伤。其次,胆汁异常进入胰腺内,会破坏和损伤胰腺组织。最后,先天性胆总管囊肿也容易引起急性和慢性的胆总管结石。在长期的慢性刺激下,先天性胆总管囊肿癌变的几率大大增加。