小袋纤毛虫病的患者在治疗原则上与其他肠道传染病比较类似,首选的药物是甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等药物。大多在患者服用药物治疗1~3天左右就可以有效的清除寄生虫,使症状得到有效的改善。但是,由于每一个患者的病情不同,对药物的敏感性不同,达到理想治疗效果的时间也略有差异。患者还可以选择服用巴龙霉素、喹碘方、四环素等药物来进行疾病的治疗,这些药物的治疗效果一般不如甲硝唑等药物。患者在日常生活中还要注意饮食卫生。