慢性结肠炎典型的症状是腹痛、腹泻,也可能会出现便秘与腹泻交替发作。患者疼痛的部位多以下腹部或者左下腹部疼痛为主,偶尔会出现胀痛症状。同时,也可能会出现腹胀、反酸、恶心、呕吐,尤其是腹部受凉或者进食油腻食物后,上述症状更为明显。少部分患者会出现全身症状,可能会出现反复的高热,可能会出现营养障碍。表现为消瘦、乏力、精神不振,严重的患者可能会有营养不良性贫血。随着疾病的进展并且使用药物治疗效果欠佳时,可能会并发急性腹膜炎、中毒性结肠扩张、结肠狭窄等并发症。