非淋菌性尿道炎会导致患者出现严重的尿道刺痒、尿道烧灼感，并且生殖器局部还会伴有红肿、疼痛。如果患者为男性，可能会引起前列腺炎、直肠炎、附睾炎等一些并发症，会严重损害男性的生育能力，甚至会导致男性不育。如果患者为女性，可能会导致白带增多或者是变黄，并且出现异味，宫颈部位也会出现明显的充血与水肿的情况。长期不进行治疗，还容易引起输卵管炎、子宫内膜炎等并发症。如果女性处于围生期，还有可能会导致致病菌传染给新生儿。
